Sau khi chiếm được Quy Nhơn (tháng 6 - 1801), Nguyễn Ánh đánh thẳng ra Phú Xuân. Nguyễn Quang Toàn phải chạy ra Bắc Hà. Khoảng giữa năm 1802, Nguyên Ánh huy động nhiều cánh quân thuỷ - bộ đồng thời tiến ra Bắc. Quân của Nguyễn Ánh lần lượt đánh chiếm vùng đất từ Quảng Trị đến Nam Định rồi tiến thẳng về Thăng Long. Nguyễn Quang Toản vượt sông Nhị chạy lên mạn Bắc Giang thì bị bắt, chấm dứt triều Tây Sơn.
Năm 1802, Nguyễn Ánh đặt niên hiệu Gia Long, chọn Phú Xuân làm kinh đô, lập ra triều Nguyễn ; năm 1806, lên ngôi Hoàng đế. Nhà nước quân chủ tập quyền được củng cố. Vua Nguyễn trực tiếp điều hành mọi việc hệ trọng trong nước, từ trung ương đến địa phương.
Năm 1815, nhà Nguyễn ban hành bộ Hoàng triều luật lệ (còn gọi là luật Gia Long - niên hiệu của Nguyễn Ánh).
Các năm 1831 -1832, nhà Nguyễn chia nước làm 30 tỉnh và 1 phủ trực thuộc (Thừa Thiên). Đứng đầu mỗi tỉnh lớn là chức tổng đốc, còn các tỉnh vừa và nhỏ là chức tuần phủ.
Quân đội nhà Nguyễn gồm nhiều binh chủng. Ở kinh đô và các trấn, tỉnh đều xây thành trì vững chắc. Một hệ thống trạm ngựa được thiết lập từ Nam Quan đến Cà Mau để kịp thời chuyển tin tức giữa triều đình với các địa phương.
Về quan hệ ngoại giao, các vua Nguyễn thần phục nhà Thanh. Nhiều chính sách của nhà Thanh được vua Nguyễn lấy làm mẫu mực trị nước. Đối với các nước phương Tây, nhà Nguyễn khước từ mọi tiếp xúc. Điều này càng thúc đẩy nước Pháp chuẩn bị việc xâm lược nước ta.