Quản lí chất thải có ảnh hưởng đến chất lượng nước nuôi thuỷ sản:

- Trong một số hình thức nuôi, chất thải được xử lí một cách tự nhiên, chất lượng môi trường nước luôn được duy trì tốt.

- Chất thải tích tụ trong môi trường nuôi sẽ tác động xấu đến chất lượng nước, gây stress cho các đối tượng nuôi hoặc gây độc trực tiếp và làm chết thuỷ sản.

- Chất thải trong nước và nền đáy hệ thống nuôi thuỷ sản bao gồm chất thải hữu cơ từ thức ăn thừa, phân, chất bài tiết từ vật nuôi và các chất thải vô cơ như ammonia và các khí độc khác.

- Để quản lí chất thải cho các hệ thống nuôi thâm canh đơn loài, người nuôi cần sử dụng các công nghệ xử lí môi trường như công nghệ lọc sinh học. công nghệ biofloc.....