Quy trình công nghệ tế bào thực vật gồm 3 giai đoạn:

- Giai đoạn 1 - Chuẩn bị: Chuẩn bị mẫu nuôi, thiết bị, dụng cụ, hóa chất và môi trường nuôi cấy.

- Giai đoạn 2 - Nuôi cấy: Ở giai đoạn này, có thể sử dụng nhiều phương pháp nuôi cấy khác nhau tùy theo mục đích như nuôi cấy huyền phù tế bào, nuôi cấy hạt phấn, nuôi cấy và dung hợp tế bào trần, nuôi cấy mô sẹo.

- Giai đoạn 3 – Thu nhận: Thu nhận sản phẩm có thể là cây con hoặc sinh khối tế bào.