Phong Nha Quá trình hình thànhkiến tạo địa chất xảy ra trong lòng dãy núi đá vôi Kẻ Bàng cách đây hơn 400 triệu năm vào thời kỳ Đại Cổ sinh. Trải qua các thời kỳ kiến tạo quan trọng và các pha chuyển động đứt gãy, phối tảng và uốn nếp đã liên tục tạo ra các dãy núi trùng điệp do chuyển động nâng cao và các bồn trầm tích do chuyển động sụt lún, đóng vai trò như nguyên nhân của mọi nguyên nhân để tạo ra tính đa dạng về địa chất, địa hình - địa mạo, mạng lưới thủy văn và tính đa dạng, kỳ thú về hang động du lịch đối với các thành hệ đá vôi Phong Nha-Kẻ Bàng phát triển từ Devon đến Kỷ Cacbon - giai đoạn Siluri đầu (450 triệu tỷ năm) Giai đoạn Kỷ Devon giữa và muộn (khoảng 340 triệu tỷ năm) Giai đoạn Kỷ Than đá - Kỷ Permi (300 triệu tỷ năm) Giai đoạn trồi lên của các đới đứt gãy lớn, núi lửa phun lên sẽ làm biến chất đá vôi, biến đá vôi thành vôi sống (CaO) dễ hoà tan trong nước, đồng thời mang vào các đứt gãy, khe nứt của đá vôi cuội, dung nham núi lửa và nước ngầm. Dung nham này trong môi trường nước sẽ bị biến thành bùn, sét - kaolin mềm nhão dễ bị nước cuốn trôi hoặc lắng chìm vào các khe nứt, lỗ hổng do mật độ nặng hơn đá vôi từ 0,3 - 0,4 g/cm3. Nước đã đóng vai trò dọn dẹp lòng hang, các thung lũng giữa núi đá vôi (cuốn trôi vôi sống, bùn, sét - kaolin) và tạo thành các thạch nhũ cho chúng ta thấy như ngày nay.