Khí hậu Sahara đã trải qua những biến đổi to lớn giữa ẩm và khô trong vài trăm nghìn năm qua. Trong kỷ băng hà cuối cùng, Sahara lớn hơn ngày nay, trải dài xa hơn về phía nam so với biên giới hiện tại[1]. Sự kết thúc của kỷ băng hà mang tới giai đoạn ẩm ướt hơn cho Sahara, từ khoảng năm 8000 TCN đến 6000 TCN, có lẽ vì các vùng áp suất thấp trên khắp các phiến băng đang sụp đổ ở phía bắc[2].

Khi các phiến băng đã mất đi, vùng phía bắc Sahara bắt đầu khô đi. Tuy nhiên, không lâu sau sự chấm dứt các phiến băng, gió mùa hiện nay mang mưa tới Sahel thổi xa hơn nữa về phía bắc và xung đột với xu hướng khô ở phía nam Sahara. Gió mùa tại Châu Phi (và các nơi khác) xuất hiện vì sức nóng mùa hè. Không khí trên lục địa trở nên nóng hơn và tăng lên, kéo không khí ẩm và lạnh từ biển vào. Hiện tượng này gây ra mưa. Vì thế, một cách nghịch lý, Sahara từng ẩm hơn khi nó nhận được nhiều ánh nắng trong mùa hè. Trái lại, những thay đổi trong sự hấp thu nhiệt Mặt trời bị gây ra bởi những sự thay đổi trong tham số quỹ đạo Trái đất.

Tới khoảng năm 2500 TCN, gió mùa rút về phía nam tới gần vị trí hiện nay[3], dẫn tới sự sa mạc hoá Sahara. Sahara hiện nay khô như điều kiện nó từng có trước kia khoảng 13.000 năm.