Có nhiều loại phân tử có khả năng can thiệp vào hoạt động của enzym. Các chất tác động trực tiếp trên enzym làm giảm vận tốc xúc tác của enzym được gọi là chất ức chế. Một số chất ức chế enzym là các sản phẩm chuyển hoá của tế bào bình thường. Các sản phẩm này sẽ ức chế một enzym đặc trưng cho một phản ứng chuyển hoá. Những chất ức chế cũng có thể là những tác nhân lạ bên ngoài như các loại ma tuý, độc tố và gây ra những tác động ức chế enzym có thể dẫn đến tình trạng bệnh lý nặng hoặc chết người. 
Sự ức chế enzym có thể theo 2 cách: ức chế không thuận nghịch hoặc thuận nghịch. Đối với ức chế thuận nghịch có thể chia làm hai loại: ức chế cạnh tranh và không cạnh tranh. Điều này không thể thực hiện được đối với các chất ức chế không thuận nghịch. 
1/ Ức chế không thuận nghịch 
- Các chất ức chế liên kết một cách không thuận nghịch với enzym thường bằng các liên kết cộng hoá trị với 1 gốc acid amin trên hay rất gần với trung tâm hoạt động và làm bất hoạt enzym. Những gốc acid amin này thường là gốc serin và cystein có các nhóm chức tương ứng là -OH và -SH 
- Hợp chất diisopropylphosphofluoridat (DIPF), một hợp chất khí tác động hướng thần kinh, phản ứng với gốc Serin trong trung tâm hoạt động của enzym acetylcholinesterase làm ức chế enzym này một cách không thuận nghịch và ngăn cản việc dẫn truyền xung động thần kinh. 
- Iodoacetamid làm thay đổi gốc cystein và có thể được sử dụng như là một tác nhân chẩn đoán trong việc xác định số gốc cystein cần thiết cho tác động của enzym 
- Kháng sinh Penicillin ức chế một cách không thuận nghịch enzym glycopeptid transpeptidase, thành lập những liên kết chéo trong thành tế bào vi khuẩn bằng các liên kết cộng hoá trị với gốc Serin trong trung tâm hoạt động của enzym. 

2/ Ức chế cạnh tranh thuận nghịch 
- Một chất ức chế cạnh tranh có cấu trúc gần giống cơ chất. Do đó, nó có thể cạnh tranh với cơ chất để liên kết với trung tâm hoạt động của enzym. Enzym có thể liên kết với hoặc là cơ chất hoặc là chất ức chế nhưng không thể liên kết đồng thời cả hai. 
- Một chất ức chế cạnh tranh liên kết theo cách thuận nghịch với trung tâm hoạt động. Tốc độ phản ứng enzym tuỳ thuộc vào nồng độ tương đối của chất ức chế và cơ chất. Nếu tăng nồng độ của cơ chất vượt xa nồng độ của chất ức chế thì có thể làm cho pư ngược trở lại và khắc phục được hiện tượng ức chế. Ngược lại, nếu tăng nồng độ chất ức chế lên thì có thể làm cho enzym bị ức chế hoàn toàn. 
- Succinat dehydrogenase là một ví dụ điển hình của sự ức chế cạnh tranh. Enzym này sử dụng cơ chất là succinat và bị ức chế cạnh tranh bởi malonat khác với succinat ở chỗ chỉ có một nhóm methylen (metylen đều đúng) trong phân tử thay vì 2 nhóm như succinat. 

3/ Ức chế thuận nghịch không cạnh tranh 
- Một chất ức chế không cạnh tranh liên kết theo cách thuận nghịch với một trung tâm khác với trung tâm hoạt động và gây nên một sự thay đổi cấu trúc không gian của enzym đưa đến việc làm giảm hoạt độ của enzym 
- Enzym có thể liên kết với chất ức chế, với cơ chất hoặc có thể cả hai cùng 1 lúc. 
- Tác động ức chế không cạnh tranh không thể được đảo ngược lại bằng cách tăng nồng độ cơ chất và làm cho V max giảm. Trái lại, trong sự ức chế không cạnh tranh, ái lực của enzym đối với cơ chất là không đổi và như vậy Km không đổi 
- Tác động của pepstatin trên ezym renin là mộ ví dụ về chất ức chế không cạnh tranh