Phương pháp nghiên cứu của Menđen là phương pháp lai và phân tích con lai, gồm các bước: Tạo dòng thuần về từng cặp tính trạng tương phản bằng cách cho tự thụ phấn qua nhiều thế hệ. Lai các dòng thuần chủng khác nhau về 1 hoặc nhiều tính trạng, rồi phân tích kết quả lai ở F1, F2, F3.