Phân biệt "chiến tranh nam bắc triều "và "trịnh nguyễn phân tranh"
Nam-Bắc Triều Việt Nam vốn là cuộc chiến giữa hai triều đại đối lập là triều Mạc và triều Lê (Trung hưng)
Trịnh Nguyễn phân tranh không phải là triều đại vì đấy vốn chỉ được coi là hai thế lực cát cứ địa phương, hai thế lực này đều tôn phù nhà Lê trung hưng, họ không xưng là vua mà chỉ xưng là chúa cái quản một vùng. Thời kỳ Trịnh-Nguyễn vẫn thuộc triều đại Lê.

Vì Thăng Long là một vùng đất màu mỡ tươi tốt, đất rộng, người đông, hội tụ nhiều lĩnh vực, có thể phát triển nhiều về mặt kinh tế, xã hội, thủ công nghiệp và thương nghiệp. Ngoài ra, trước Thăng Long là sông Như Nguyệt, khúc sông hiểm trở có thể ngăn chặn phần nào thế mạnh quân xâm lược Đại Việt. Ngoài ra, vì Hoa Lư là quê hương của Lý Thái Tổ nên ông dời đô về đó.

Nam – Bắc triều kéo dài từ năm 1533 – 1592
Đầu thế kỷ 16, nhà Hậu Lê bắt đầu suy yếu. Một võ tướng nhà Lê là Mạc Đăng Dung đứng ra trấn áp các cuộc nổi dậy bên ngoài, nắm lấy quyền hành triều Lê. Đến năm 1527, ông phế truất Lê Cung Hoàng, lập ra nhà Mạc.
Nguyễn Kim bỏ chạy vào miền núi Thanh Hoá. Năm 1533, ông tìm lập một người dòng dõi nhà Lê là Lê Duy Ninh đưa lên ngôi, tức là vua Lê Trang Tông.
Năm 1545, Nguyễn Kim bị hàng tướng Dương Chấp Nhất đầu độc giết chết. Con rể Nguyễn Kim là Trịnh Kiểm lên thay cầm quyền chỉ huy quân đội. Từ đó binh quyền Nam triều do họ Trịnh cai quản.
Năm 1546, Mạc Hiến Tông – vị vua thứ ba của nhà Mạc, chết, con là Mạc Tuyên Tông còn nhỏ lên thay. Bắc triều xảy ra biến loạn do bất đồng trong việc chọn người thừa kế nghiệp. Nhân sự tổn thất lực lượng của Bắc triều, Nam triều chiếm lại được Thanh Hóa và Nghệ An. Năm 1572, sau khi tướng Nam triều là Nguyễn Hoàng chiếm được Thuận Hóa, nhà Mạc mất hẳn phía nam và chỉ còn kiểm soát Bắc Bộ.
Sau đó Nam triều cũng xảy ra biến loạn. Trịnh Kiểm mất (1570), hai con Trịnh Cối và Trịnh Tùng tranh ngôi. Trịnh Cối yếu thế sang hàng nhà Mạc.
Đầu năm 1592, Trịnh Tùng thúc quân tổng tiến công ra bắc. Quân Mạc đại bại, chết rất nhiều. Cuối năm 1592, Trịnh Tùng lại tiến đánh Thăng Long. Cha con nhà Mạc thua chạy rồi lần lượt bị bắt và bị hành hình.
Bắc triều chấm dứt. Nhà Hậu Lê chiếm lại được Thăng Long, việc trung hưng hoàn thành.
Trịnh – Nguyễn phân tranh
Trịnh Tùng nắm đại quyền, thao túng triều đình, giết vua Lê Anh Tông lập vua nhỏ là Thế Tông. Khi rước được vua Lê về kinh thành, Trịnh Tùng bắt đầu tính tới người cậu Nguyễn Hoàng phía nam.
Năm 1593, Trịnh Tùng triệu Nguyễn Hoàng ra bắc với lý do để cùng đánh tàn dư họ Mạc còn tản mát ở Bắc bộ. Hoàng vâng lệnh mang quân ra bắc, phá tan quân Mạc ở Hà Trung và Sơn Nam. Sau đó, ông tìm cách trở về nam, không quay lại nữa.
Năm 1613, Nguyễn Hoàng qua đời, người con trai thứ sáu là Nguyễn Phúc Nguyên lên thay, Năm 1623, Bình An Vương Trịnh Tùng qua đời, con là Trịnh Tráng lên thay.
Năm 1627, lấy cớ Nguyễn Phúc Nguyên bỏ không nộp thuế cho vua Lê, Trịnh Tráng làm sắc đứng tên vua Lê gửi trách Nguyễn, đòi đích thân hoặc sai con tải thuế ra bắc. Nguyễn Phúc Nguyên viết bài thơ của Đào Duy Từ lên đáy mâm rồi dâng cho chúa Trịnh.
Sau khi hiểu được nghĩa bài thơ, nhận ra câu trả lời ngang ngạnh của Nguyễn Phúc Nguyên, Trịnh Tráng tức giận quyết định khởi đại binh vào nam
Tháng 3 năm 1627, Trịnh Tráng khởi 20 vạn đại quân thủy bộ vào nam, cùng các tướng Nguyễn Khải, Lê Khuê chia làm hai đạo tiến vào, hội binh ở cửa Nhật Lệ. Quân Trịnh chủ động tấn công nhưng không chọc thủng được tuyến phòng thủ của quân Nguyễn. Phía Nguyễn có lợi thế là đại bác kiểu Bồ Đào Nha nên làm quân Trịnh sợ chạy dạt. Hai tướng Trịnh là Nguyễn Khải và Lê Khuê đều thua chạy.
Trong lúc hai bên tiếp tục giằng co thì Nguyễn Hữu Dật phao tin ở miền bắc, Trịnh Gia và Trịnh Nhạc âm mưu làm phản. Trịnh Tráng nghi ngờ vội thu quân về bắc.
Năm 1631, Nguyễn Phúc Ánh do xung đột với người thân, mưu thông đồng với chúa Trịnh, bèn viết thư hẹn làm nội ứng cho Trịnh Tráng. Năm 1633, Trịnh Tráng khởi binh nam tiến lần thứ hai, đóng ở cửa Nhật Lệ.. Trịnh Tráng đang đợi suốt hơn 10 hôm không thấy hiệu làm nội ứng của Ánh thì bị quân Nguyễn đánh úp, quân Trịnh hoảng loạn tan vỡ bỏ chạy.
Sau bốn lần giao chiến. Năm 1655, đại chiến lần thứ năm xảy ra.
Tháng 4 năm 1655, chúa Nguyễn mang quân vượt sông Gianh đánh Bắc Bố Chính. Tướng Trịnh là Phạm Tất Toàn đầu hàng. Nhà Nguyễn thừa thắng tiến lên đánh Hoành Sơn, Lê Hữu Đức thua chạy rồi đánh chiếm luôn Hà Trung.
Trịnh Thượng lãnh binh, tiến quân bộ vào huyện Kỳ Hoa, chia quân thủy tiến đến cửa Kỳ La. Quân Nguyễn rút về nam sông Gianh. Trịnh Thượng thấy địch vô cớ rút, biết có mưu nhử nên không đuổi, đóng lại Lạc Xuyên, chia quân ra giữ Hà Trung. Quân Trịnh hai cánh đều thua . Thế là 7 huyện Nghệ An ở phía nam sông Lam là Kỳ Hoa, Thạch Hà, Thiên Lộc, Nghi Xuân, La Sơn,Hương Sơn, Thanh Chương về tay chúa Nguyễn.
Tháng 12 năm 1657, quân Trịnh đánh huyện Hương Sơn, thắng quân Nguyễn. Tháng 8 năm 1660, quân Trịnh lại đánh Nghi Xuân nhưng bại trận.
Trước sau trong 46 năm ròng rã, hai bên Trịnh - Nguyễn đánh nhau hơn bảy lần. Chiến trường chủ yếu ở hai bờ sông Gianh, vùngNghệ An, Hà Tĩnh và Quảng Bình ngày nay.
Hai bên đều có lợi thế và điểm yếu nên không thể tiêu diệt được nhau, dù cùng mang khẩu hiệu "Phù Lê". Sau nhiều năm giao chiến, cả hai bên đều kiệt quệ về sức người sức của nên phải chấp nhận đình chiến, chia cắt lâu dài. Sông Gianh, sử sách hay gọi là Linh Giang, trở thành ranh giới chia nước Đại Việt thành Đàng Trong và Đàng Ngoài.
Cuộc chiến tranh Nam Bắc triều và Trịnh Nguyễn là cuộc chiến phi nghĩa, thực chất là tranh giành quyền lực thống trị đất nước giữa các tập đoàn phong kiến.
Năm Canh Ngọ 1630, Đào Duy Từ chủ xướng việc thiết kế và chỉ đạo xây dựng hai công trình phòng thủ gồm : Trường Dục, Nhật Lệ, thuộc thành phố Ðồng Hới và huyện Quảng Ninh:
-Phòng tuyến Trường Dục xây dựng vào năm 1630. Lũy được đắp bằng đất sét dài 10km, cao 3m, chân lũy rộng 6m.
-Phòng tuyến Nhật Lệ đắp năm 1631. Lũy cao 6m, dài hơn 12km, ngoài được đóng cọc bằng gỗ lim.
Trong điều kiện trang bị của binh lính bấy giờ là mã tấu, dao dài thì hệ thống lũyThầy, quân lính đối phương từ xa tới không dễ công phá.
Chúa Trịnh đã rất nhiều lần Nam chinh nhưng đều thất bại bởi không qua được Lũy Thầy và Lũy Trường Dục và khiến Trịnh chúa phải nản long bỏ ý định chinh phạt. Cũng từ đó các chúa Nguyễn đã xây dựng một vương triều thịnh trị ở vùng đất phía Nam để mở ra một thời kỳ phát triển thịnh vượng của triều đại gồm 9 chúa Nguyễn ở Ðàng trong.
Người dân Ðàng Trong gọi hệ thống thành lũy phía Nam sông Gianh là Lũy Thầy để tỏ lòng tôn kính Ðào Duy Từ.
Sau này, vua Thiệu Trị đi qua hệ thống Lũy Thầy hùng vĩ này đã xúc động trước công trình thành lũy này và đã ban cho lũy này tên mới “Ðịnh Bắc trường thành” để nhớ ơn tổ tiên đã giữ vững cõi Nam.

Nhà Lý dời đô về Thăng Long do đây là ở trung tâm của đất nước và đồng bằng rộng lớn màu mỡ khác với ở Hoa Lư vùng núi hiểm trở đi lại khó khăn và không ở trung tâm của đất nước. => Thuận lợi cho việc phát triển đất nước.