Với các hiệp ước Hácmăng và Patơnốt, thực dân Pháp đã hoàn thành về cơ bản cuộc xâm lược Việt Nam. Chúng bắt đầu xúc tiến việc thiết lập chế độ bảo hộ và bộ máy chính quyền thực dân trên phần lãnh thổ Bắc Kì và Trung Kì. Nhưng chúng đã vấp phải sự kháng cự của một số quan lại, văn thân, sĩ phu yêu nước và nhân dân các địa phương, cả trong Nam, ngoài Bắc. Phong trào phản đối hai hiệp ước 1883 và 1884 diễn ra rất sôi nổi. Nhiều toán nghĩa quân hoạt động mạnh ở các vùng xung quanh Hà Nội như Bắc Ninh, Sơn Tây, Hải Dương…., khiến cho quân Pháp ăn không ngon, ngủ không yên.
Dựa vào phong trào kháng chiến của nhân dân, phái chủ chiến trong triều đình Huế, đại diện là Tôn Thất Thuyết (Thượng thư Bộ Binh), mạnh tay hành động.
Họ phế bỏ những ông vua có biểu hiện thân Pháp, đưa Ưng Lịch còn nhỏ tuổi lên ngôi (hiệu là Hàm Nghi), trừ khử những người không cùng chứng kiến, bổ sung thêm lực lượng quân sự, bí mật liên kết với sĩ phu, văn thân các nơi, xây dựng hệ thống sơn phòng và tuyến đường thượng đạo, ra sức tích trữ lương thảo và vũ khí để chuẩn bị chiến đấu.
Trước tình hình đó, thực dân Pháp phải tăng thêm lực lượng quân sự, thiết lập bộ máy kìm kẹp và tìm mọi cách để loại phái chủ chiến ra khỏi triều đình. Biết được âm mưu của Pháp, đêm mồng 4 rạng sáng 5-7-1885, Tôn Thất Thuyết và lực lượng chủ chiến đã ra tay trước.
Trong khi viên Toàn quyền về chính trị và quân sự Pháp tại Việt Nam là Đờ Cuốc-xi đang tổ chức yến tiệc tại tòa Khâm sứ Pháp ở Huế, Tôn Thất Thuyết đã hạ lệnh cho các đạo quân của mình tấn công quân Pháp ở đồn Mang Cá và tòa Khâm sứ. Cuộc chiến đấu diễn ra vô cùng ác liệt, song do chuẩn bị vội vã, thiếu chu đáo nên sức chiến đấu của quân ta nhanh chóng giảm sút. Rạng sáng 5-7, quân Pháp phản công. Chúng cướp bóc và tàn sát nhân dân ta vô cùng man rợ.
Tôn Thất Thuyết phải đưa vua Hàm Nghi ra khỏi Hoàng thành, rồi chạy ra sơn phòng Tân Sở (Quảng Trị). Ngày 13-7-1885, Tôn Thất Thuyết lấy danh vua Hàm Nghi xuống chiếu Cần Vương, kêu gọi văn thân, sĩ phu và nhân dân cả nước đứng lên vì vua mà kháng chiến.
Chiếu Cần Vương đã nhanh chóng thổi bùng ngọn lửa yêu nước trong nhân dân tạo thành một phong trào vũ trang chống Pháp sôi nổi, liên tục kéo dài hơn 10 năm mới chấm dứt.