Bạn muốn nghiên cứu tương tác giữa DNA gắn kết nucleosome và một histone deacetylasee cụ thể. Bạn thực hiện một thí nghiệm để xác định sự tương tác giữa DNA và protein dựa trên sự di chuyển (phương pháp điện di EMSA). Bạn sử dụng một 32P đánh dấu kết thúc, mẫu DNA tuyến tính chứa hai vị trí định vị nucleosome. Bạn tập hợp hai nucleosome trên. Mẫu DNA trước khi ủ không có histone deacetylase và có histone deacetylase. Đối với một số phản ứng, bạn sử dụng các nucleosome không thay đổi. Đối với các phản ứng khác, bạn sử dụng các nucleosome được methyl hoá ở lysine 36 của histone protein H3.
a) Histone deacetylase gắn kết được với nucleosome liên kết DNA (viết tắt N-DNA)
