Công ty D trong khu công nghiệp đã đi vào hoạt động sản xuất chính thức từ 2 năm nay, nhưng chưa có hệ thống xử lí nước thải vận hành ổn định, nên đã nhiều lần thai nước thải chưa qua xử lí vào dòng sông gần công ty. Qua kiểm tra, thanh tra môi trường đã lập biên bản xử lí vi phạm hành chính và buộc công ty phải xây dựng hệ thống xử lí nước thải theo đúng quy định. Công ty D đã vi phạm pháp luật như thế nào?