Đề 2: Một đoạn trình tự mã hóa dài 900 bp trong hai loài chị em (X và Y). Trong đoạn này có 450 vị trí là vị trí thứ hai của codon, 450 vị trí là vị trí thứ ba của codon. So sánh hai loài, thấy: ở vị trí thứ hai có 27 vị trí khác nhau, ở vị trí thứ ba có 81 vị trí khác nhau.
Cho mô hình Jukes–Cantor và tốc độ đột biến trung bình u = 1 x 10^-9
a) Tính tần suất khác biệt quan sát p (hoặc dobs) ở vị trí thứ hai và vị trí thứ ba.
b) Dùng mô hình Jukes–Cantor để ước lượng khoảng cách tiến hóa ddd cho cả hai loại vị trí; trình bày công thức và tính toán.
c) Giải thích ngắn tại sao vị trí thứ hai và thứ ba khác về tốc độ thay đổi (ít lời).
d) Dùng giá trị vị trí thứ ba (gần trung tính) và μ\muμ đã cho để ước lượng thời gian phân kỳ (năm). Công thức rõ ràng.
