Khi sự xâm nhập của vi sinh vật vào cơ thể ký chủ nhưng không dẫn đến hậu quả gây bệnh ngay cho ký chủ, mà chỉ xảy ra sau một thời gian dài với sự hiện diện vi sinh vật một cách thụ động trong cơ thể ký chủ: người ta gọi đó là nhiễm trùng nội sinh.