Nông Nghiệp
Yersin quyết định trở về Nha Trang trong năm 1898. Với sự hỗ trợ từ Toàn quyền Doumer, ông xây dựng Viện Pasteur Nha Trang. Rồi ông mua một khu đất rộng 500 héc-ta ở Suối Giao (nay là Suối Dầu) để làm nông nghiệp và chăn nuôi. Ông cho trồng cây cà-phê Liberia, các loại cây thuốc, cây coca để sản xuất cô-ca-in sử dụng trong ngành dược, tuyển chọn nhiều loại thực vật và động vật từ khắp nơi trên thế giới để nuôi trồng tại đây, biến nó thành một cộng đồng nông nghiệp và khoa học với một trạm xá phục vụ cư dân trong vùng. Trong thời gian này, sản xuất huyết thanh chống dịch cho bò là nguồn thu nhập chính của Yersin. Trung tâm thí nghiệm này về sau trở thành viện thú y đầu tiên ở Đông Dương.
Là người đầu tiên nhập giống cây cao su về trồng tại Việt Nam, Yersin trở thành chủ một đồn điền cao su lúc đầu rộng khoảng 100 hec-ta, kiếm tiền đủ để nuôi sống Viện của ông. Ông liên lạc với André Michelin, người sáng lập tập đoàn Michelin, một trong những hãng sản xuất bánh xe lớn nhất thế giới. Nhờ cách làm hiệu quả và suy nghĩ quyết liệt nên lợi tức gia tăng đáng kể, ông gởi tiền vào Hongkong and Shanghai Bank (nay là ngân hàng HSBC) và mua các loại cổ phiếu.
Về Nha Trang lập trang trại là khởi điểm cho một giai đoạn khác trong cuộc đời Yersin: sống ẩn dật, để lại đằng sau ánh hào quang của một huyền thoại sống – người đẩy lùi bệnh dịch hạch và là người khám phá cao nguyên Lâm Viên - để sống với niềm đam mê mới: nghiên cứu cùng thực hành nông nghiệp và chăn nuôi. Ông từ chối tiếp các nhà báo, họ bèn dựng nên những câu chuyện huyễn hoặc về Yersin, nhưng ông chẳng hề quan tâm.
Từ Suối Giao, sau một chuyến thám hiểm ngắn với Armand Krempf – hai ngày đi thuyền và hai ngày leo núi – Yersin phát hiện ngọn núi Hòn Bà. Trong năm 1915, ông tiến hành di thực các loài thực vật và động vật, gieo các loại hạt giống, và xây dựng một ngôi nhà gỗ kiểu Thụy Sĩ. Ông nghiên cứu điểu học, nghề làm vườn, và sưu tầm các loại hoa. Ông cũng mở một chiến dịch trồng rừng đồng thời khuyên dân làng bỏ tập tục chặt đốt cây rừng. Ông dựng chuồng nuôi chim và đưa về lãnh địa rộng 15 000 héc-ta của mình các loài chim lạ. Ông trồng thử nghiệm cây canh-ki-na để sản xuất thuốc ký ninh chữa bệnh sốt rét. Ông tìm ra thổ nhưỡng thích hợp cho loại cây này ở vùng đất Dran (nay là Đơn Dương) và Di Linh.
“ Yersin là một con người đơn độc. Ông biết rằng không sự kỳ vĩ nào được thực hiện ở số nhiều. Ông căm ghét bè nhóm, ở đó hàm lượng trí tuệ tỉ lệ nghịch với số lượng thành viên tạo nên đám đông ấy. Thiên tài luôn đơn độc. ”
—Patrick Deville, nhà văn.
Yersin dùng số tiền có được nhờ những giải thưởng khoa học để xây dựng một con đường dài 30 cây số quanh co uốn khúc từ Suối Giao lên Hòn Bà. Sử dụng thiết bị tiên tiến Improver Road Tracer, ông “đích thân chỉ đạo công việc, với sự giúp đỡ của các cai An Nam, làm một con đường có độ dốc rất đều, ở mức mười phần trăm.” Đôi khi phải dùng bộc phá để nổ phá đá, và “dùng các mảnh vụn để xây tường chống.” Nhờ con đường này, Yersin chuyển một máy phát điện lên ngôi nhà gỗ, lắp đặt hệ thống đèn, khởi động một máy dẫn nước để tưới cây, và đặt mua từ Pháp một chiếc Citroën bánh xích, cùng loại với “những chiếc xe đã băng qua sa mạc Sahara.”
Yersin thích biết mọi thứ, ông là chuyên gia về nông học nhiệt đới, nhà vi trùng học, nhà dân tộc học, nhiếp ảnh gia, rồi nghiên cứu khí tượng. Ông mua máy điện lượng kế, làm một con diều thật lớn thả lên độ cao một ngàn mét để đo điện khí quyển và dự đoán giông bão. Ông muốn giúp những người dân chài thường khi bị mất tích trên biển mỗi lúc có lốc xoáy vụt đến. Yersin thuyết phục Fichot, một kỹ sư thủy văn phục vụ trong hải quân và rất say mê thiên văn học, đến sống với ông trong ngôi nhà lớn ở Xóm Cồn với kính thiên văn và máy quan tinh được lắp đặt trên sân thượng để cùng nhau nghiên cứu khí tượng. Trong những ngày cuối đời, Yersin gắn bó với niềm đam mê mới: văn chương. Ở tuổi tám mươi, ông lại học tiếng Latin, tiếng Hy Lạp, và biên dịch những tác phẩm của Phèdre, Virgile, Horace, Salluste, Cicéron, Platon, và Démosthène.
NGHIÊN CỨU BỆNH DỊCH HẠCH
Tượng Yersin tại Bảo tàng Y khoa Hồng Kông
Trong khi Yersin đang chuẩn bị cho cuộc thám hiểm thứ tư thì bệnh dịch đã bộc phát ở miền Nam Trung Hoa và lan truyền xuống Đông Dương. Tháng 5 năm 1894, dịch phát mạnh ở Hồng Kông, gây tử vong cao, và trở thành mối đe dọa cho tất cả cảng biển có giao dịch thương mại với Trung Hoa, trong đó có cảng Hải Phòng. Nhà cầm quyền thuộc địa cử Yersin đến Hồng Kông để nghiên cứu bệnh dịch.
Ngày 15 tháng 6 năm 1894, Yersin đặt chân đến Hồng Kông, trông thấy xác người chết vì dịch hạch trên đường phố, giữa những vũng nước, trong các khu vườn, trên ghe thuyền đang cắm neo. Yersin liền ghi lại quan sát ban đầu của mình, “Tôi nhận thấy có rất nhiều chuột chết trên mặt đất.” Ba ngày trước đó, Kitasato đã đến Hồng Kông cũng để nghiên cứu bệnh dịch. Với sự hỗ trợ dồi dào từ người Anh, Kitasato lập một phòng thí nghiệm trong Bệnh viện Kennedy Town, Yersin chỉ được phép đến quan sát nhóm Kitasato làm việc. Yersin ngạc nhiên về phương pháp làm việc của Kitasato: khám nghiệm máu và cẩn thận giảo nghiệm các cơ phận của tử thi nhưng bỏ qua chỗ sưng bạch hạch.
Năm ngày sau, ông quyết định hoạt động độc lập. Với sự trợ giúp của Vigano, một người Ý sống ở Hồng Kông, Yersin làm việc trong một cái lán bằng tre phủ rơm với vài xác chết có được nhờ Vigano đút tiền cho đám lính thủy người Anh trông coi nhà xác, và Yersin xác định được nguyên nhân của bệnh dịch.
Sau khi toán khoa học gia người Nhật ra đi, người Anh muốn giữ Yersin ở lại Hồng Kông nhưng ông từ chối.
Bởi vì những tường trình ban đầu của Kitasato còn mơ hồ và đôi khi có những mâu thuẫn, nhiều người tin rằng Yersin là người duy nhất tìm ra trực khuẩn. Tuy nhiên, một cuộc phân tích hình thái học về những gì Kitasato khám phá cho thấy “Kitasato đã khảo nghiệm trực khuẩn gây bệnh ở Hồng Kông vào cuối tháng 6 và đầu tháng 7 năm 1894”, chỉ một thời gian ngắn sau khi Yersin công bố khám phá của ông (ngày 20 tháng 6). Do đó, “không thể bác bỏ sự đóng góp” của Kitasato. Cũng nên biết rằng, trực khuẩn gây bệnh phát triển tốt hơn trong môi trường nhiệt độ thấp, vì vậy, phòng thí nghiệm được trang bị kém của Yersin lại có lợi thế hơn trong cuộc chạy đua với Kitasato.
Yersin và lán tre phủ rơm, nơi ông tìm ra trực khuẩn gây bệnh dịch hạch, Hồng Kông năm 1894.
Yersin là người đầu tiên chứng minh rằng trực khuẩn hiện diện ở chuột bệnh và người bệnh là một, nhờ đó ông đã giải thích được phương thức truyền bệnh. Cũng trong năm ấy, khám phá này được cộng tác viên Émile Duclaux gửi đến Viện Hàn lâm Khoa học Pháp trong bài báo nhan đề La Peste Bubonique de Hong-Kong (Bệnh dịch hạch ở Hồng Kông).
Từ năm 1895 đến 1897, Yersin nghiên cứu thêm về bệnh dịch hạch. Năm 1895 ông trở lại Viện Pasteur ở Paris và cùng với Émile Roux, Albert Calmette và Armand Borrel đã điều chế ra huyết thanh chống bệnh dịch hạch đầu tiên. Cùng năm đó, ông trở về Đông Dương và lập một phòng thí nghiệm nhỏ tại Nha Trang để sản xuất huyết thanh, (năm 1905 viện này trở thành một chi nhánh của Viện Pasteur). Năm 1896, ông thành lập trại chăn nuôi Suối Dầu, nuôi ngựa để sản xuất huyết thanh.
Năm 1896, Yersin đến Quảng Châu, được phép tiêm huyết thanh được điều chế tại Nha Trang cho một chủng sinh đang mắc bệnh tại đây, và mau chóng thu được kết quả. Ông trở thành người thầy thuốc đầu tiên cứu sống một bệnh nhân dịch hạch. Yersin tiếp tục cuộc hành trình chống bệnh dịch hạch bằng huyết thanh với những điểm đến kế tiếp là Hạ Môn, Formosa (nay là Đài Loan), rồi Macao. Song, khi đến Bombay, Yersin đối diện với một môi trường phức tạp hơn nhiều – người bệnh từ chối vào bệnh viện cách ly vì ở đó không tuân thủ hệ thống đẳng cấp, loài chuột phát triển mạnh bởi vì người dân không chịu sát sinh, sự đố kỵ của người Anh đối với người Pháp – ông không làm được gì, cuối cùng phải rút lui để lại một đống hỗn độn cho Paul-Louis Simond, người đồng nghiệp được Viện Pasteur cử đến thay thế ông.