Có các ứng dụng sau đây: (1) Xác định được vị trí của các gen trên NST để lập bản đồ gen (2) Tạo quả không hạt (3) Làm mất đi 1 số tính trạng xấu không mong muốn (4) Tăng hoạt tính của một đột biến mất đoạn Các ứng dụng của đột biến mất đoạn NST bao gồm: