Ở ruồi giấm: gen A quy định mắt đỏ, alen a - mắt lựu; gen B - cánh bình thường; alen b - cánh xẻ. Hai cặp gen này cùng nằm trên cặp NST giới tính X. Kết quả của 1 phép lai như sau : Ruồi ♂ F₁: 7,5 % mắt đỏ, cánh bình thường : 7,5 % mắt lựu, cách xẻ : 42,5 % mắt đỏ, cách xẻ : 42,5 % mắt lựu, cánh bình thường. Ruồi ♀ F₁: 50 % mắt đỏ, cánh bình thường : 50 % mắt đỏ, cách xẻ. Kiểu gen của ruồi ♀ P và tần số hoán vị gen là

Do gen nằm trên NST giới tính X, không có alen tương ứng trên Y, nên tỉ lệ phân li kiểu hình ở giới đực của đời con chính là tỉ lệ phân li giao tử của ruồi mẹ, tương tự như phép lai phân tích.

Ta thấy ở đời con 2 loại kiểu hình chiếm tỉ lệ nhỏ ở ruồi đực là mắt lựu, cánh xẻ (aabb) = mắt đỏ, cảnh bình thường (A_B_) = 7,5% => Tỉ lệ giao tử AB = ab = 7,5% < 25% => Đây là giao tử hoán vị.

Vậy kiểu gen của ruồi mẹ là X^AbX^aB với tần số hoán vị là 15%.