Trong lần đi sứ, gặp sinh nhật vua Minh, Phùng Khắc Khoan đã dâng tặng thứ gì khiến vua Minh khen ngợi mà phê rằng hiền tài ở đâu cũng có?

Sau khi sự nghiệp trung hưng thành công, vua Lê về kinh đô. Cùng việc khôi phục kinh tế, triều đình phải lo một việc lớn là đối ngoại với nhà Minh bởi lúc bấy giờ, nhà Minh đã nhận hối lộ của nhà Mạc nên không chịu nhận sứ thần của nhà Lê. 

Năm 1597, khi đang làm Tả thị lang bộ Công, Phùng Khắc Khoan được cử làm Chánh sứ sang nhà Minh. Trong Lịch triều hiến chương loại chí, phần Nhân vật chí, Phan Huy Chú viết; "Bấy giờ nhà Minh nhận hối lộ của con cháu nhà Mạc, không chịu nhận sứ. Ông (chỉ Phùng Khắc Khoan) còn đợi mệnh vua Minh, liền đưa thư cho Súy ty nhà Minh (tức quan coi cửa ải), kể rõ việc nhà Mạc cướp ngôi... Người Minh khen là có nghĩa mới cho sứ thần qua cửa quan".

Khi đến Yên Kinh, Lễ bộ đường của triều Minh trách việc nhà Lê cống sai mẫu nên không cho vào. Phùng Khắc Khoan đã có những lời biện bạch thuyết phục được vua Minh nên được vào trầu và lĩnh ấn sắc đem về nước.

Trong dịp này, gặp ngày sinh nhật vua Minh, ông dâng lên tập thơ gồm 30 bài khiến vua Minh Thần Tông nể phục. Chính sử chép: "Khắc Khoan đến Yên Kinh, vừa gặp tiết Vạn Thọ của vua Minh, dâng 30 bài thơ lạy mừng. Trương Vị đem tập thơ Vạn Thọ ấy dâng lên. Vua Minh cầm bút phê rằng Người hiền tài ở đâu mà không có. Trẫm xem thơ, thấy hết lòng trung thành của Phùng Khắc Khoan, rất đáng khen ngợi rồi sai đưa xuống khắc in để ban hành trong nước".