Sông Ngòi là một hệ thống sông chảy qua ba vùng miền Bắc, Trung và Nam Bộ. Vì vậy, chế độ nước và lũ trên sông này sẽ khác nhau tùy theo vùng miền.

1. Vùng Bắc Bộ:

• Chủ yếu nhận nước từ mùa mưa hè, thường từ tháng 6 đến tháng 10 và đạt đỉnh vào tháng 8 đến tháng 9.
• Lũ dồn vùng miền núi hay lở đất xảy ra do tác động của mưa lớn vào những ngày mưa tổng hợp.
• Lưu vực sông Ngòi ở vùng Bắc Bộ có tỷ lệ mưa cao nhất trong cả hệ thống sông đồng bằng Bắc Bộ, vì vậy nó góp phần không nhỏ vào giải quyết nhu cầu tưới tiêu cho sản xuất nông nghiệp.

1. Vùng Trung Bộ:

• Chủ yếu nhận nước từ mùa mưa đông xuân, từ tháng 10 đến tháng 3 và đạt đỉnh vào tháng 1 đến tháng 2.
• Lũ thường cao vào mùa đông kết hợp với mưa lớn, vì vậy những ngày mưa to có thể gây ảnh hưởng đến cuộc sống của người dân nơi đây.
• Lưu vực sông Ngòi tại vùng Trung Bộ có thể tưới tiêu, đảm bảo độ ẩm cho rừng trồng và cung cấp nước cho sinh hoạt của người dân.

1. Vùng Nam Bộ:

• Chủ yếu nhận nước từ mưa trên vùng đồng bằng sông Cửu Long trên miền Nam, thường từ tháng 5 đến tháng 11.
• Lũ thường thấp vào mùa khô từ tháng 12 đến tháng 4, tuy nhiên các tỉnh ven biển phía Đông và phía Nam lưu vực sông Ngòi có khả năng bị ảnh hưởng bởi bão và thời tiết phức tạp.
• Sông Ngòi không có vai trò lớn trong việc tưới tiêu sản xuất nông nghiệp ở vùng Nam Bộ, tuy nhiên vẫn đóng vai trò trong việc phân phối nguồn nước cho sinh hoạt và sản xuất nông nghiệp.