Đức vua Trần Nhân Tông tên húy là Khâm, sinh ngày 11/11 năm Mậu Ngọ (tức 07/12/1258), là con trưởng của vua Trần Thánh Tông và Nguyên Thánh Thiên Cảm Hoàng hậu Trần Thị Thiều. Sinh thời, Ngài có tướng mạo rất phi phàm. Theo Đại Việt Sử ký toàn thư, khi sinh ra, thân Ngài có màu sắc hoàng kim, nước da vàng sáng rất đẹp, nên gọi Ngài là Phật kim. Ngài rất thông minh, hiếu học, đọc hết sách vở, suốt thông nội điển (kinh Phật) và ngoại điển (sách đời).

Vào năm 1274, khi 16 tuổi, Ngài được phong làm Hoàng Thái tử. Mặc dù Ngài từ chối ngôi vị nhưng vua cha không đồng ý. Sau đó, vua cha cưới trưởng nữ của Nguyên Từ Quốc Mẫu cho Ngài (tức là Khâm Từ Hoàng hậu sau này). Tuy Ngài sống trong cảnh gia đình vui hòa, hạnh phúc nhưng tâm Ngài vẫn luôn ưa thích sự tu hành.
 

Đến năm 21 tuổi (năm 1279), Ngài lên ngôi Hoàng đế, hiệu là Trần Nhân Tông. Tuy ở địa vị cao sang, Ngài vẫn giữ mình thanh tịnh và thường đến chùa Tư Phước tu tập. Một hôm nghỉ trưa, Ngài mơ thấy trong rốn mọc lên một hoa sen vàng lớn bằng bánh xe, trên hoa sen có Đức Phật vàng. Có người đứng bên cạnh Ngài nói: “Biết Đức Phật này không? Đó là Đức Biến Chiếu Tôn!”. Tỉnh giấc, Ngài đem việc đó tâu lên vua cha. Vua Thánh Tông khen giấc mơ là việc kỳ lạ và đặc biệt.

Những khi giặc Nguyên sang xâm chiếm Đại Việt , Ngài gác việc tu học Phật Pháp để lo giữ gìn xã tắc. Với tài mưu lược sáng suốt, khả năng đoàn kết toàn dân, Ngài đã hai lần cùng các tướng lĩnh lãnh đạo quân dân đánh tan quân xâm lược Nguyên - Mông (1285, 1287 - 1288), bảo vệ vững chắc nền độc lập, tự chủ của dân tộc.