Bộ phim "Mộ Đom Đóm" đặt bối cảnh vào giai đoạn cuối của Chiến tranh Thế giới II tại Nhật Bản, kể về câu chuyện cảm động và đầy bi kịch của hai đứa trẻ mồ côi, anh trai Seita và em gái Setsuko. Sau cuộc tấn công dữ dội của không quân Mỹ vào thành phố Kobe, mẹ của hai đứa trẻ qua đời, trong khi cha của họ đang chiến đấu cho Hải quân Đế quốc Nhật Bản. Trong cảnh nghèo khó và tàn phá, Seita và Setsuko phải đối mặt với sự đối xử tàn nhẫn và tình trạng đói kém.

Trải qua nhiều khó khăn và sự phân biệt đối xử, Seita phải đối diện với quyết định quan trọng: ở lại với người dì ích kỷ nhưng phải chịu sự bất công, hoặc chạy trốn để tìm tự do dù điều đó rất khó khăn. Cuối cùng, anh quyết định rời bỏ nhà người dì và sống trong một căn hầm trú bom bỏ hoang cùng với Setsuko.

Tình hình ngày càng trở nên khó khăn khi thức ăn khan hiếm, và Setsuko mắc bệnh nặng do thiếu dinh dưỡng. Trong sự tuyệt vọng, Seita đến ngân hàng để rút tiền để mua thêm thức ăn, nhưng khi biết Nhật Bản đã đầu hàng và nghe tin cha mình đã tử nạn, anh ta bàng hoàng.

Mặc dù Seita cố gắng cứu Setsuko, nhưng em bé cuối cùng cũng ra đi. Anh đốt hỏa cảnh thi hài của em và đưa cô bé đi với một hộp kẹo trái cây. Cuối cùng, cảnh Seita và Setsuko ngồi bên nhau trước những con đom đóm, nhìn xuống thành phố Kobe hiện đại, là hình ảnh đầy cảm xúc và ý nghĩa về sự hy sinh và tình anh em.