- Khu Hoàng Liên Sơn:

   + Đá mác ma xâm phập và phun trào.

   + Địa hình núi trung bình và cao trên 2000 – 3000m.

   + Khí hậu lạnh quanh năm, mưa nhiều.

   + Đất mùn núi cao.

   + Rừng ôn đới trên núi.

- Khu cao nguyên Mộc Châu:

   + Địa hình núi thấp (dưới 1000m), đá vôi là chủ yếu.

   + Khí hậu cận nhiệt vùng núi, lượng mưa và nhiệt độ thấp.

   + Đất feralit nâu đỏ trên đá vôi.

   + Rừng và đồng cỏ cận nhiệt (vùng chăn nuôi bò sữa).

- Khu đồng bằng Thanh Hóa.

   + Địa hình bồi tụ phù sa thấp và bằng phẳng.

   + Khí hậu cận nhiệt đới.

   + Đất phù sa.

   + Rừng nhiệt đới (thay bằng hệ sinh thái nông nghiệp).