Prôtêin có một số chức năng chính sau: 
- Thành phần cấu tạo chủ yếu của tế bào và cơ thể (nhân, màng sinh học, bào quan...).
- Dự trữ axit amin (prôtêin sữa, prôtêin hạt...)
- Xúc tác cho các phản ứng sinh hóa (enzim).
- Protein có chức năng vận động: các actin, myosin, là protein làm khung vận động của mô cơ và của rất nhiều tế bào khác.
- Vận chuyển các chất (Hemglobin trong máu), truyền xung thần kinh.
- Thu nhận thông tin (các thụ thể)
- Điều hòa sự trao đổi chất (hoocmon).
- Bảo vệ cơ thể (kháng thể).
→ Prôtêin đảm nhiệm nhiều chức năng liên quan đến toàn bộ hoạt động sống của tế bào, quy định các tính trạng và các tính chất của cơ thể sống.