Điều kiện tự nhiên ở Đồng bằng sông Cửu Long có một số khó khăn:

- Đất phèn, đất mặn chiếm diện tích lớn (khỏang 60 % diện tích của đồng bằng), phải đầu tư lớn và mất nhiều thời gian để cải tạo.

- Mùa khô sâu sắc và kéo dài (từ tháng XI đến tháng IV), thiếu nước ngọt cho sản xuất và sinh hoạt, nạn xâm nhập mặn gây nhiều trở ngại đối với đời sống và sản xuất ở các vùng ven biển.

- Lũ lụt hàng năm diễn ra trên diện rộng do sông Mê Công gây ra trong mùa mưa lũ.

- Chất lượng môi trường ở nhiều vùng suy thóai, đặc biệt là nguồn nước sông rạch.

- Tài nguyên khoáng sản hạn chế, gây trở ngại cho việc phát triển kinh tế.