Môi trường tự nhiên bao gồm 4 thành phần chính gồm thạch quyển; thuỷ quyển; khí quyển và sinh quyển. Cụ thể như sau:
Thạch quyển hay còn gọi là địa quyển/môi trường đất. Đây là bộ phận gồm vỏ Trái Đất có bề dày 60-70km ở phần lục địa. Sâu hơn nữa là 2-8km dưới đáy đại dương. Các quần xã sinh vật sẽ sinh sống trên môi trường đất.
Thuỷ quyển hay còn gọi là môi trường nước. Đây là phần nước trên Trái Đất, bao gồm: sông, hồ, suối, đại dương, nước ngầm, hơi nước, băng tuyết.
Khí quyển hay còn gọi là môi trường không khí. Đây là tầng không khí bao quanh Trái Đất.
Sinh quyển hay còn gọi là môi trường sinh vật. Đây là bộ phần gồm thực vật, động vật và con người. Đây cũng là nơi sinh sống của nhiều loại sinh vật nhỏ bé khác như ký sinh, cộng sinh, biểu sinh… Tất cả điều này đã tạo nên sự đa dạng sinh học trong môi trường tự nhiên.