Khó khăn chính về mặt tự nhiên ở đồng bằng sông Cửu Long:

• Diện tích đất nhiễm phèn, nhiễm mặn ngày càng mở rộng và cần được cải tạo.
• Mùa khô kéo dài dẫn đến tình trạng thiếu nước cho hoạt động sản xuất.
• Mùa lũ chịu lũ lớn do sông Mê Công gây ra.
• Chất lượng môi trường ở nhiều vùng suy thoái, đặc biệt là nguồn nước sông rạch.