So với đột biến nhiễm sắc thể thì đột biến gen là nguồn nguyên liệu sơ cấp chủ yếu của tiến hóa là vì:

Đa số đột biến gen là có hại, vì vậy chọn lọc tự nhiên sẽ loại bỏ chúng nhanh chóng, chỉ giữ lại các đột biến có lợi sai vì tuy đa số đột biến gen là có hại nhưng thường là đột biến lặn, tồn tại ở trạng thái dị hợp nên chọn lọc tự nhiên không thể đào thải chúng nhanh chóng.

Các alen đột biến thường ở trạng thái lặn và ở trạng thái dị hợp, chọn lọc tự nhiên tác động trực tiếp vào kiểu gen do đó tần số của gen lặn có hại hay không thay đổi qua các thế hệ sai vì CLTN tác động trực tiếp lên kiểu hình thông qua đó tác động lên kiểu gen chứ không tác động trực tiếp lên kiểu gen

Alen đột biến có lợi hay có hại không phụ thuộc vào tổ hợp gen và môi trường sống, vì vậy chọn lọc tự nhiên vẫn tích lũy các gen đột biến qua các thế hệ sai vì Alen đột biến có lợi hay có hại phụ thuộc vào tổ hợp gen và môi trường sống; ở tổ hợp này là có hại, nhưng tổ hợp khác lại trở thành có lợi; môi trường sống thay đổi có khi đột biến cũng trở thành có lợi