Nguyên nhân khiến dưa chuột bị đắng là do hợp chất Cucurbitacin. Hợp chất này có ở lá, thân và rễ cây dưa chuột, khiến các bộ phận này của cây bị đắng. Đây là cơ chế tự bảo vệ của cây dưa chuột để tránh bị sâu bọ, động vật ăn. Đôi khi, chất này có cả ở phần cuống và xâm nhập vào quả. Đây là lý do mà nhiều quả dưa chuột bị đắng ở phần đầu.

Các yếu tố khác như thời tiết, chất dinh dưỡng cũng góp phần khiến quả dưa chuột bị đắng. Cụ thể, thời tiết ít nắng, khô hạn, nhiệt độ thấp có thể khiến bộ rễ của cây dưa bị tổn thương, dẫn tới sự hấp thụ nước, chất dinh dưỡng kém. Điều này phần nào khiến Cucurbitacin tích tụ nhiều ở phần cuống của quả và làm cho dưa bị đắng.

Vị đắng của dưa chuột chỉ khiến người ăn cảm thấy không ngon, khó chịu chứ không hề ảnh hưởng tiêu cực tới sức khỏe.