*Sự chia cắt Đàng Trong Đàng Ngoài:Ngay từ khi cuộc chiến Nam - Bắc triều còn đang tiếp diễn thì nội bộ Nam triều đã nảy sinh mầm mống của sự chia rẽ. Trịnh Kiểm thâu tóm trong tay mình mọi quyền hành và loại bỏ dần sự ảnh hưởng của họ Nguyễn. Để tránh âm mưu bị ám hại của họ Trịnh, Nguyễn Hoàng – con trai của Nguyễn Kim, đã tìm mọi cách để được vào trấn thủ ở Thuận Hoá.

Thuận Hoá (vùng đất phía nam đèo Ngang đến đèo Hải Vân) vốn là đất cũ của Cham-pa, tuy đã được sát nhập vào Đại Việt từ lâu, nhưng đến lúc này dân cư vẫn rất thưa thớt, kinh tế kém phát triển. Để thu hút nhiều người đến Thuận Hoá làm ăn sinh sống, Nguyễn Hoàng thi hành một chế độ cai trị khoan hoà, khuyến khích sản xuất. Sau hơn 10 năm làm Trấn thủ Thuận Hoá, đến năm 1570, Nguyễn Hoàng được giao kiêm lĩnh Trấn thủ cả xứ Quảng Nam (vùng đất từ đèo Hải Vân đến đèo Cù Mông).

Họ Nguyễn vừa lo phát triển kinh tế, vừa lo củng cố quyền thống trị để thoát li dần sự lệ thuộc và trở thành một lực lượng đối địch với họ Trịnh. Dần dần, khu vực Thuận - Quảng trở thành vùng đất của tập đoàn phong kiến Nguyễn.

Chiến tranh Trịnh - Nguyễn bùng nổ. Trong vòng 45 năm (từ năm 1627 đến năm 1672), hai họ Trịnh - Nguyễn đánh nhau bảy lần với những trận chiến ác liệt, có khi kéo dài năm này qua năm khác. Cuộc chiến tranh đã làm hao tổn sức người, sức của của nhân dân, triệt phá đồng ruộng, xóm làng. Cuộc chiến tranh cũng dẫn đến việc chia đôi lãnh thổ của nước Đại Việt thống nhất thành giang sơn riêng của hai dòng họ.

Vùng đất từ sông Gianh, luỹ Thầy (Quảng Bình) trở ra Bắc nằm dưới quyền cai trị của chính quyền Lê - Trịnh gọi là Đàng Ngoài. Họ Trịnh xưng vương, lập phủ Chúa, tuy vẫn duy trì triều đình vua Lê, nhưng trên thực tế đã thâu tóm mọi quyền hành trong tay, biến vua Lê thành bù nhìn.

Vùng Thuận - Quảng ở phía nam, được gọi là Đàng Trong, của chính quyền họ Nguyễn. Chúa Nguyễn cũng tự xưng vương, lập phủ Chúa, cải tổ cơ cấu chính quyền theo quy cách một triều đình đế vương, bắt nhân dân phải thay đổi cách ăn mặc và phong tục tập quán cho khác với Đàng Ngoài. Mặc dầu vậy, theo quan niệm của nhân dân ta, Đàng Trong và Đàng Ngoài chỉ là hai khu vực của quốc gia Đại Việt.

- Hậu quả : Đất nước bị chia cắt. Nhân dân bị đói khổ, li tán.
+ Ở Đàng Ngoài, đến đời Trịnh Tùng thì xưng vương, xây dựng phủ chúa bên cạnh triều Lê ; tuy nắm mọi quyền hành nhưng vẫn phải dựa vào vua Lênhân dân gọi là "vua Lê - chúa Trịnh".
+ Ở Đàng Trong, con cháu họ Nguyễn cũng truyền nối nhau cầm quyền, nhân dân gọi là "chúa Nguyễn".