Giao thông bằng đường thủy trên sông Mê Kông gặp nhiều khó khăn do dòng chảy bị thay đổi nhiều theo mùa, các đoạn chảy xiết và các thác nước cao. So với tiềm năng to lớn nếu được khai thác đúng mức, hiện nay, chỉ một phần nhỏ của sông được dùng trong việc dẫn thủy nhập điền và tạo năng lực thủy điện. Tuy nhiên lưu lượng và nhịp độ nước lũ ban phát nhiều lợi ích: biên độ dao động cao (sai biệt khoảng 30 lần giữa mùa hạn và mùa nước lũ) rất thuận lợi cho lối canh tác ruộng lúa ngập nước cho nhiều vùng rộng lớn.