Yên Bái nằm trong vùng khí hậu nhiệt đới gió mùa, giữa hai vùng sinh thái Đông Bắc và Tây Bắc Việt Nam, với nhiệt độ trung bình từ 220C - 230C, lớp vỏ phong hóa dày đã tạo ra thảm thực vật phong phú về chủng loại và giàu về trữ lượng. Do điều kiện địa hình và khí hậu có sự chênh lệch giữa các vùng nên tỉnh Yên Bái có nhiều loại rừng khác nhau như: Rừng nhiệt đới, á nhiệt đới và núi cao. Với diện tích đất có rừng khá lớn, rừng Yên Bái được tổ chức Bảo tồn động thực vật quốc tế (FFI), Quỹ bảo tồn thiên nhiên Việt Nam (VCF) đánh giá có độ đa dạng sinh học phong phú, đa dạng về chủng loại bao gồm rừng nguyên sinh, rừng thường xanh, rừng rụng lá mùa thu, rừng hỗn giao. Mặt khác rừng Yên Bái có hệ thống thực vật đa dạng. Hệ thực vật ở Yên Bái đã được ghi nhận có khoảng 1.479 loài thực vật bậc cao thuộc 170 họ, 715 chi trong đó có 91 loài thực vật bậc cao có mạch thuộc diện cần phải bảo tồn theo tiêu chí đánh giá của Sách Đỏ Việt Nam (2007), IUCN (2016) như: Lan Kim Tuyến, Củ rắn cắn, Pơmu, Lim, Sến, Táu, Gù Hương… Trong khu vực rừng á nhiệt đới của tỉnh có nhiều loại cây lá kim (như: pơmu, thông nàng, thông tre lá lớn, sa mộc) xen lẫn cây lá rộng thuộc họ sồi dẻ, đỗ quyên. Ở độ cao trên 2.000 m, rừng hỗn giao giảm dần, pơmu mọc thành rừng kín cao tới 40-50m, đường kính thân có cây tới 1,5m. Cao hơn nữa là những cánh rừng thông xen kẽ các tầng cây bụi nhỏ rồi đến trúc lùn, cậy họ cói, cây họ hoa hồng, cây họ thạch nam, cây họ cúc, cây họ hoàng liên xen kẽ. Lùi dần về phía Đông Nam, độ cao hạ dần, khí hậu ấm áp hơn làm cho lớp phủ thực vật rừng có điều kiện phát triển. Bên cạnh các loại gỗ quý (nghiến, trúc, lát hoa, chò chỉ, pơmu), cây thuốc quý (đẳng sâm, sơn tra, hà thủ ô, hoài sơn, sa nhân), cùng nhiều khu rừng cho lâm, đặc sản (cọ, măng, song, móc, nấm hương, mộc nhĩ, trẩu, quế, chè).