Phân tử của hợp chất được tạo nên từ những nguyên tử khác loại liên kết với nhau theo một tỉ lệ và một thứ tự nhất định.

Phân tử của hợp chất khác với phân tử của đơn chất là: Phân tử của đơn chất do một nguyên tố (các nguyên tử giống hệt nhau) liên kết với nhau; phân tử của hợp chất do các nguyên tử khác nhau liên kết với nhau.

Ví dụ: Phân tử hợp chất: nước gồm 2H liên kết với 1 O, phân tử khí cacbonic gồm 1 C liên kết với 2 O..; phân tử đơn chất: phân tử khí nitơ gồm hai nguyên tử nitơ