Hệ thống điều khiển Gồm Tay ga để điều khiển xe đạp điện được thiết kế ở phía tay cầm bên phải giống như các loại xe máy thông thường khác. Nguyên lý hoạt động dựa trên cảm biến từ kết hợp với nam châm giúp quét qua cảm biến khi người dùng vặn tay ga và giúp xe di chuyển.Bên cạnh đó, xe đạp điện còn có các hệ thống bo mạch điều khiển giúp chuyển đổi các điều khiển của người lái xe thành các tín hiệu điện và tạo dòng điện phù hợp nhất để đưa tới động cơ. Nhờ vào đó mà người dùng có thể tùy chỉnh tốc độ nhanh chậm của xe, điều khiển phanh xe khi cần thiết hay bật đèn hay các tín hiệu đèn xi nhan khi di chuyển.Ở một số loại xe thì còn có bo mạch tích hợp với các tính năng thông minh khác như là hiển thị các thông số, mức năng lượng hay tốc độ của xe trong quá trình hoạt động.