Có rất nhiều nguyên nhân khiến nước bị ô nhiễm như sau

- Do các điều kiện của tự nhiên: Lũ lụt, gió bão, tuyết tan, hạn hán… chính là những tác nhân ảnh hưởng nghiêm trọng đến nguồn nước trên trái đất. .
- Do quá trình tăng dân số: Bùng nổ dân số khiến tình trạng ô nhiễm nguồn nước nghiêm trọng hơn. Khi con người ngày càng nhiều, dân số tăng vọt kéo theo nhiều hệ lụy liên quan tới nhu cầu ăn uống, sinh hoạt, xây dựng, đi lại, sản xuất nông nghiệp, công nghiệp… làm cho nguồn nước bị ô nhiễm.
- Do rác thải trong sinh hoạt: Mỗi ngày con người thải ra vô số rác thải, nhất là rác thải nhựa. 

- Do rác thải y tế: Các con số thống kê cho thấy đa số các bệnh viện và cơ sở y tế trên cả nước ta đều chưa có hệ thống xử lý nguồn nước thải y tế đạt yêu cầu. Các rác thải y tế từ các phòng phẫu thuật, thí nghiệm… luôn mang theo vô vàn mầm bệnh, virus ảnh hưởng xấu đến sức khỏe của con người.

- do Quá trình sản xuất nông nghiệp: Các thuốc bảo vệ thực vật gây ô nhiễm nguồn nước

và có rất nhiều nguyên nhân khác là lý do khiến cho nguồn nước bị ô nhiễm