Những khó khăn hiện nay trong phát triển ngành thủy sản ở Đồng bằng sông Cửu Long:

• Sự biến động thủy văn phức tạp
• Diện tích rừng ngập mặn ngày càng thu hẹp
• Môi trường ô nhiễm, phát sinh nhiều loại dịch bệnh
• Thiếu vốn đầu tư, thị trường không ổn định.
• Đầu tư hệ thống công nghiệp chế biến chất lượng cao còn hạn chế…

- Biện pháp khắc phục:

• Chủ động nguồn giống an toàn và năng suất chất lượng cao,
• Chủ động thị trường, chủ động tránh né rào cản của các nước nhập khẩu sản phẩm thủy sản của Việt Nam.
• Tăng vốn đầu tư ưu tiên đánh bắt xa bờ, khai thác các lợi thế kinh tế do lũ hàng năm mang lại…