Đông Nam Bộ có địa hình bán bình nguyên, trung du và đồi núi thấp dưới 1000m, bề mặt thoải. Độ cao giảm dần từ tây bắc xuống đông nam, có độ cao bề mặt dao động từ khoảng 500 - 700m (H.Bù Gia Mập, Bình Phước - phần rìa phía nam cao nguyên Mơ Nông) xuống 1m (H.Bình Chánh, TP.HCM - giáp ranh đồng bằng sông Cửu Long).

Hơn 70% diện tích của vùng có độ cao trên 50m, chủ yếu là các đồi thấp xen bưng bàu trũng, địa hình cao và lượn sóng mạnh ở phía bắc, giảm dần về phía nam

Các ngọn núi cao ở khu vực:-Núi Bà Đen - 986m (Tây Ninh)-Núi Chứa Chan - 838m (Đồng Nai)-Núi Bà Rá - 736m (Bình Phước)-Núi Mây Tào - 716m (Bà Rịa Vũng Tàu)-Núi Dinh - 505m (Bà Rịa Vũng Tàu)-Núi Cậu - 289m (Bình Dương)

Do vùng này là trung tâm công nghiệp nên rừng ít, cây công nghiệp được trồng với diện tích lớn hàng bậc nhất cả nước, tình trạng ô nhiễm ngày càng nặng, trong đô thị rất dễ bị lũ lụt do không có cây giữ lại.

Đất có bảy loại: đất feralit, đất phù sa (chiếm thấp nhất trong vùng), đất ba dan, đất xám trên phù sa cổ, đất mặn, đất phèn (đất mặn, đất phèn tập trung nhiều ở Thành phố Hồ Chí Minh).

Vùng đất này thuộc địa chất giới Kainozoi: Cuội,cát, sét kết và các thành tạo bở rời.