Các yếu tố tự nhiên như mưa lớn, gió mạnh, sự thay đổi nhiệt đới, địa hình đồi núi và sự phong phú của các dòng sông và hồ nước cũng đóng vai trò quan trọng trong quá trình thoái hóa đất ở nước ta. Mưa lớn và gió mạnh có thể gây ra sự xói mòn và rửa trôi lớn trên bề mặt đất, làm cho đất mất đi lớp phủ bảo vệ và dẫn đến sự thoái hóa. Sự thay đổi nhiệt đới cũng ảnh hưởng đến quá trình thoái hóa đất, khiến cho đất trở nên khô cằn và dễ bị xói mòn. Địa hình đồi núi cũng tạo điều kiện cho sự thoái hóa đất do đất bị xói mòn dễ dàng hơn trên những vùng đất có độ dốc lớn. Sự phong phú của các dòng sông và hồ nước cũng góp phần vào quá trình thoái hóa đất bằng cách tạo ra sự xói mòn và rửa trôi đất từ các khu vực cao đến các khu vực thấp. Do đó, các yếu tố tự nhiên này đều đóng vai trò quan trọng trong quá trình thoái hóa đất ở nước ta.