Những yếu tố có ảnh hưởng đến sự phân hóa giới tính:

- Sự có mặt của cặp nhiễm sắc thể giới tính trong tế bào: Sự phân hóa giới tính ở đa số các loài do cặp NST giới tính quy định.

+ Ở người, động vật có vú, ruồi giấm, cây me chua,… giới đực có cặp NST giới tính là XY; giới cái có cặp NST giới tính là XX.

+ Ở chim, bướm, lưỡng cư, bò sát, một số loài cá và giáp xác,… giới đực có cặp NST giới tính là ZZ; giới cái có cặp NST giới tính là ZW.

+ Ở một số loài côn trùng (cào cào, châu chấu, gián,…), giới đực chỉ có 1 chiếc NST giới tính là XO; giới cái có cặp NST giới tính là XX.

- Trạng thái đơn bội hay lưỡng bội của bộ nhiễm sắc thể: Ở các loài ong, kiến,..., con cái được phát triển từ trứng được thụ tinh, có bộ nhiễm sắc thể lưỡng bội (2n). Con đực phát triển từ trứng không thụ tinh, có bộ nhiễm sắc thể đơn bội (n).

- Bên cạnh đó, giới tính cũng bị ảnh hưởng bới các nhân tố bên trong cơ thể và bên ngoài cơ thể:

+ Yếu tố bên trong: Hormone sinh dục có thể tác động vào những giai đoạn sớm trong sự phát triển. Ví dụ: Dùng hormone sinh dục đực methyltestosterone tác động vào cá vàng cái có thể làm cá cái chuyển thành cá đực trong khi cặp NST giới tính không thay đổi.

- Yếu tố bên ngoài: Rùa tai đỏ (Trachemys scripta elegans), nhiệt độ ấp trứng trong khoảng 25 - 26 °C nở ra toàn rùa đực, trong khoảng 28 - 29 °C nở ra số lượng con đực và con cái tương đương nhau, trên 30 °C nở ra toàn rùa cái; hoa lan (Catasetum viridiflavum) sinh trưởng và phát triển trong điều kiện có ánh sáng mạnh cho hoa cái, ngược lại trong điều kiện có ánh sáng yếu cho hoa đực;…