Thời tiết và khí hậu là những yếu tố chính ảnh hưởng đến tất cả các loại hình nông nghiệp, bao gồm cả nuôi trồng thủy sản. Nhiệt độ nước gây nhiều hạn chế trong sản xuất nuôi trồng thủy sản, và trong hầu hết các hệ thống nuôi, chúng đều chịu sự kiểm soát của khí hậu.

Trong nuôi tôm, người ta biết rõ rằng tốc độ tăng trưởng của tôm vào mùa lạnh kém hơn vào mùa nóng, dẫn đến kết quả là thời gian nuôi để tạo ra một con tôm cỡ nhất định vào mùa lạnh sẽ dài hơn so với mùa nóng. Lượng mưa sẽ làm tăng nồng độ oxy hòa tan trong ao. Mặc dù mưa cung cấp oxy hòa tan khi nó rơi xuống; nhưng do lượng mưa mùa lạnh rơi vào ao không lớn nên lượng oxy được cung cấp rất khiêm tốn. Bầu trời nhiều mây và đặc biệt là những ngày lạnh lẽo u ám liên tiếp có thể dẫn đến stress hoặc thậm chí là chết thủy sản nuôi do nồng độ oxy hòa tan giảm vào ban đêm trong ao không có sục khí hoặc sục khí không đủ.