Việc sản xuất insulin từ vi khuẩn E.coli có nhiều ưu điểm hơn việc chiết insulin từ tuyến tụy của động vật vì việc sản xuất insulin từ vi khuẩn E.coli được tiến hành bằng cách chuyển gene mã hóa insulin của người vào vi khuẩn E.coli. Phương pháp này đem lại nhiều ưu điểm vượt trội:

- Sản xuất được lượng insulin lớn trong thời gian ngắn, từ đó giúp hạ giá thành sản phẩm: Vi khuẩn E.coli có ưu điểm là sinh sản rất nhanh giúp tăng số bản sao của gene mã hóa insulin một cách nhanh chóng và dễ dàng, từ đó giúp thu được số lượng lớn hormone insulin. Trong khi, nếu dùng động vật để chiết insulin thì cần một lượng tụy rất lớn mới có thể sản xuất được một lượng nhỏ insulin.

- Sản xuất được insulin có độ tinh sạch cao: Việc insulin được sản xuất trực tiếp từ tụy động vật thường có cấu trúc không hoàn toàn giống với insulin người, hoạt động chức năng trong cơ thể kém hơn so với insulin người , khả năng hấp thụ kém, có thể gây ra những phản ứng phụ. Trong khi đó, sản xuất insulin từ vi khuẩn E.coli sẽ tạo ra insulin có cấu trúc giống insulin của người hơn, làm giảm tối đa tính phức tạp và giá thành của các giai đoạn tinh sạch.

- Chi phí sản xuất thấp: Vi khuẩn E.coli có kích thước nhỏ, dễ nuôi cấy nên giảm được chi phí phát sinh trong quá trình sản xuất hơn nhiều so với việc nuôi bò hoặc lợn để tách chiết insulin.