Để giảm thiểu ô nhiễm môi trường, trong quá trình sử dụng cần tuân thủ các nguyên tắc sau:

- Bón đúng loại phân: cần căn cứ vào nhu cầu dinh dưỡng của cây trồng trong từng giai đoạn sinh trưởng, từng loại đất để lựa chọn loại phân phù hợp.

- Bón đúng lúc: cần chia ra nhiều lần bón và đúng thời điểm cây đang có nhu cầu được cung cấp chất dinh dưỡng.

- Bón đúng liều lượng: không bón thiếu, không bón thừa; thường xuyên theo dõi quá trình phát triển của cây trồng, đất đai, biến đổi thời tiết để có thể điều chỉnh lượng phân bón cho phù hợp.

- Bón đúng cách: cần lựa chọn đúng cách bón cho từng loại cây trồng, từng vụ sản xuất, từng loại phân và từng loại đất, để hạn chế phân bị rửa trôi, phân huỷ hoặc làm cây bị tổn thương …