Nguyên tử được tạo thành từ 3 loại hạt là proton, electron và neutron. Khối lượng nguyên tử là tổng khối lượng các hạt có trong nguyên tử. Tuy nhiên, do khối lượng của electron nhỏ hơn khối lượng của proton và neutron rất nhiều nên có thể coi khối lượng của electron là không đáng kể so với khối lượng của nguyên tử. Hay nói các khác, có thể coi khối lượng nguyên tử tập trung ở hạt nhân.

Ví dụ: Nguyên tử carbon có 6 electron, 6 proton và 6 electron.

Khối lượng của nguyên tử là: 6.0,00055 + 6.1 + 6.1 = 12,0033 (amu), xấp xỉ khối lượng hạt nhân là 12 amu.