Nguồn khoáng sản còn bị khai thác mạnh, nhỏ lẻ, trái phép; xuất khẩu khoáng sản dưới dạng nguyên liệu thô; công nghệ khai thác, chế biến còn lạc hậu, chậm được đổi mới... dẫn đến tổn thất, lãng phí nguồn tài nguyên không tái tạo quan trọng này. Bên cạnh đó, tài nguyên nước chưa được khai thác tổng hợp, phục vụ đa mục tiêu dẫn đến hiệu quả thấp; tình trạng thiếu nước theo mùa, cục bộ theo vùng còn nghiêm trọng; diện tích che phủ của rừng có tăng nhưng chất lượng rừng giảm, rừng tự nhiên xuống cấp mạnh; nguồn lợi thủy sản ngày càng suy giảm, năng suất, hiệu quả khai thác thấp…