- Hoạt động bao trùm của MRC là đáp ứng nhu cầu, gìn giữ sự cân bằng nguồn nước với nhiều hoạt động. Cụ thể là:

+ Thông qua Chiến lược phát triển lưu vực dựa trên quản lí tổng hợp tài nguyên nước cho các giai đoạn và các Chiến lược ngành cho hầu hết các lĩnh vực hợp tác như: môi trường, thuỷ sản, lũ, hạn, thuỷ điện, giao thông đường thuỷ, biến đổi khí hậu.

+ Hoàn thành xây dựng bộ quy chế sử dụng nước, bao gồm 5 thủ tục là: trao đổi và chia sẻ thông tin số liệu; giám sát sử dụng nước; duy trì dòng chảy trên dòng chính; chất lượng nước và các hướng dẫn kĩ thuật để thực hiện.

+ Nâng cấp, mở rộng và hiện đại hoá hệ thống giám sát số lượng và chất lượng nước; giám sát nguồn lợi thuỷ sản, đa dạng sinh học và vận chuyển phù sa bùn cát trên dòng chính sông Mê Công.

+ Xây dựng bộ cơ sở dữ liệu về tài nguyên nước và các tài nguyên liên quan cho toàn lưu vực. Xây dựng bộ công cụ phân tích, đánh giá và lựa chọn các kịch bản phát triển của lưu vực.

+ Hoàn thành “Nghiên cứu chung về quản lí và phát triển bền vững lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả tác động của các dự án thuỷ điện dòng chính” (giai đoạn 2015 - 2017).

+ Tăng cường tính tự chủ của MRC cả về tài chính và kĩ thuật thông qua chính sách tăng mức đóng góp hằng năm của các quốc gia thành viên.

+ Tăng cường đối thoại giữa các quốc gia thành viên MRC và giữa MRC với các đối tác đối thoại, đối tác phát triển, các cơ chế hợp tác vùng để tranh thủ nguồn lực và sự ủng hộ của cộng đồng quốc tế.