- Mức độ bức xạ: Chụp CT sử dụng tia X nên có nguy cơ tiềm ẩn phơi nhiễm bức xạ. MRI không sử dụng tia X nên không gây nguy cơ phơi nhiễm phức xạ.

- Chụp CT có gây ra một số tác dụng phụ như buồn nôn, chóng mặt. Chụp MRI không gây tác dụng phụ như trên nhưng trong quá trình chụp gây tiếng ồn lớn rất khó chịu.

Mức độ an toàn thì MRI an toàn hơn so với chụp CT do không gây nguy cơ phơi nhiễm bức xạ.