Kính hiển vi điện tử quét sử dụng các điện tử phát ra. Kính hiển vi điện tử quét hoạt động trên nguyên tắc ứng dụng động năng để tạo ra tín hiệu về sự tương tác của các electron. Các điện tử này là các điện tử thứ cấp, các điện tử tán xạ ngược và các điện tử tán xạ ngược nhiễu xạ được sử dụng để xem các nguyên tố và photon kết tinh. Các điện tử thứ cấp và bị tán xạ ngược được sử dụng để tạo ra hình ảnh. Các điện tử thứ cấp được phát ra từ mẫu vật đóng vai trò chính là phát hiện hình thái và địa hình của mẫu vật trong khi các điện tử tán xạ ngược thể hiện sự tương phản trong thành phần của các phần tử của mẫu vật