Việc chuyển gene vào cơ thể động vật là một thách thức lớn đối với các nhà khoa học vì:

- Việc chuyển gene vào cơ thể động vật rất phức tạp như kĩ thuật thu nhận và chuyển phôi trở lại vào cơ thể động vật, chuyển gene vào tế bào, điều kiện nuôi cấy tế bào chuyển gene phức tạp,...

- Có thể gây ra các tác dụng phụ như: giảm khả năng thụ tinh của giao tử, ảnh hưởng đến quá trình chuyển hóá ở động vật,...

- Sự kiểm soát của luật pháp đối với các giá trị của động vật chuyển gene rất chặt chẽ. Động vật chuyển gene trước khi được sử dụng làm sản phẩm thương mại cần được kiểm tra về độ an toàn theo một quy trình nghiêm ngặt.

- Động vật chuyển gene là một trong những nguyên nhân gây mất cân bằng sinh thái nếu chúng bị phát tán và giao phối với các động vật trong môi trường tự nhiên.