Phương pháp nghiên cứu của Mendel có nhiều điểm độc đáo. Ông đã tạo ra các dòng thuần chủng về từng tính trạng đem lai, nên thế hệ lai không phân tính. Và đặc biệt, ông theo dõi sự di truyền riêng rẽ của từng tính trạng, phân tích kết quả lai ở F₁, F₂, sau đó mới nghiên cứu đến hai hoặc nhiều tính trạng.