So với hệ sinh thái nông nghiệp truyền thống, hệ sinh thái nông nghiệp hiện đại có sự đầu tư đầu vào (phân bón, vật tư,...) và sản phẩm đầu ra (năng suất, chất thải,...) đều lớn hơn; hệ sinh thái nông nghiệp hiện đại đã thải ra môi trường nhiều phế thải gây ảnh hưởng xấu tới các hệ sinh thái xung quanh nhiều hơn.