Tottochan bên cửa sổ kể câu chuyện về cô bé lớp một tên là Tottochan, cô bé chuyển trường ngay sau khi nhập học vài ngày vì bị “đuổi học”. May mắn thay, mẹ đã tìm được cho cô bé một ngôi trường mới tên là Tomoe. Tottochan thích trường mới lắm vì cái trường có cái cổng “từ dưới đất mọc lên”, rồi những lớp học bằng toa xe điện.