a) Địa hình và đất
- Đông Nam Á lục địa:
+ Địa hình: Bị chia cắt mạnh bởi các dãy núi chạy theo hướng tây bắc - đông nam hoặc bắc - nam. Có các đồng bằng châu thổ do các hệ thống sông lớn bồi đắp và mở rộng dần về phía biển, như: đồng bằng sông Hồng (Việt Nam), đồng bằng sông Mê Nam (Thái Lan), đồng bằng sông Xa-lu-en, đồng bằng sông I-ra oa-đi (Mianma), đồng bằng sông Mê Công...
+ Đất: chủ yếu là đất feralit ở miền đồi núi và đất phù sa ở các đồng bằng, thuận lợi phát triển nền nông nghiệp với cơ cấu cây trồng đa dạng.
- Đông Nam Á hải đảo:
+ Địa hình: chủ yếu là núi trẻ với nhiều núi lửa; các đồng bằng phần lớn nhỏ hẹp nằm ven biển, một số đồng bằng lớn có ở các đảo Ca-li-man-tan, Xu-ma-tra, Niu Ghi-nê,...
+ Đất: khá màu mỡ.
b) Khí hậu
- Đại bộ phận khu vực Đông Nam Á nằm trong các đới khí hậu xích đạo và nhiệt đới nên có nhiệt độ cao (trung bình từ 21°C đến 27C), độ ẩm lớn (trung bình trên 80%), lượng mưa nhiều (trung bình từ 1000 mm đến 2000 mm).
+ Đông Nam Á lục địa và phần lớn lãnh thổ Philíppin có kiểu khí hậu nhiệt đới gió mùa.
+ Khu vực Đông Nam Á hải đảo có khí hậu nhiệt đới gió mùa, khí hậu xích đạo và cận xích đạo.
- Ở các khu vực có địa hình núi cao, khí hậu có sự phân hóa theo đai cao.
c) Sông, hồ:
- Sông:
+ Đông Nam Á lục địa, có mạng lưới sông ngòi dày đặc với nhiều sông lớn như: Mê Công, Iraoađi, Hồng, Mê Nam,... Chế độ nước sông theo mùa.
+ Đông Nam Á hải đảo, sông thường ngắn và có nhiều nước.
- Đông Nam Á có nhiều hồ tự nhiên, như: hồ Tônlê Sáp (Campuchia), hồ Inlê (Mianma), hồ Mêra (Malaixia), hồ Tôba (Inđônêxia),...
d) Sinh vật
- Đông Nam Á là khu vực có tài nguyên sinh vật và mức độ đa dạng sinh học phong phú bậc nhất thế giới.
- Diện tích rừng nhiệt đới của Đông Nam Á khoảng 2 triệu km2 với hai hệ sinh thái chính là: rừng mưa nhiệt đới và rừng nhiệt đới gió mùa. Trong rừng có nhiều loại gỗ quý, trữ lượng lớn như lim, nghiến, táu,...
- Tài nguyên sinh vật trong khu vực đang bị khai thác quá mức, đặc biệt là nạn phá rừng để lấy gỗ và đất cho canh tác nông nghiệp đang trở thành vấn đề cấp bách tại nhiều quốc gia.
e) Khoáng sản
- Tài nguyên khoáng sản của Đông Nam Á đa dạng, nhiều loại có trữ lượng lớn như thiếc, than đá, sắt, bộ-xít, dầu mỏ, khí tự nhiên,...
- Khoáng sản là tài nguyên quan trọng cung cấp nguyên, nhiên liệu cho nhiều ngành công nghiệp: nhiệt điện, luyện kim, hoá dầu,... và tạo ra nguồn hàng xuất khẩu có giá trị cho nhiều nước.
g) Biển
- Đông Nam Á có vùng biển rộng lớn thuộc Ấn Độ Dương và Thái Bình Dương;
- Vùng biển Đông Nam Á giàu hải sản, khoáng sản, có nhiều bãi biển đẹp, nhiều vịnh biển có thể xây dựng các cảng nước sâu,...